微生物ゲノムデータベース ERGO™ Genome analysis suite

ERGO™ genome analysis and discovery systemは比較ゲノミクスを中心としたシステム-バイオロジーインフォマティクスのツールキットです。微生物の代謝経路・非代謝経路の最大のコレクションとIntegrated Genomics社独自のアルゴリズムを統合させた総合的なゲノムデータベースを構築しており、ERGOは遺伝子に機能を与えたり、経路に遺伝子を組み込んだり、以前は未知もしくは特徴づけされていなかった遺伝子・経路・遺伝子産物を同定することを可能にします。

ERGO™ は全ての生物にわたって遺伝子機能の同定をより迅速に、より良く提供します。

ERGO™ のアプリケーション

• 遺伝子やゲノムの自動アノテーションもしくはマニュアルアノテーション
• 生物の生理機能を理解するための代謝経路及び非代謝経路の解析
• SNPsや共通もしくはユニークな特性を同定のための複数ゲノムの比較
• 遺伝子発現マイククロアレイデータの機能解析
• 目的遺伝子発見のためのデータ検索（Data-mining）
• In silicoでの metabolic engineering や菌の改良

ERGO™ 特徴

• 完全及びドラフトゲノムの最大で多様性のあるコレクション
• タンパク質配列の最大のnon-redundantデータベース
• 遺伝子アノテーションの最大データベース
• ネットワーク化された代謝経路及び非代謝経路の最大のコレクション
• webベースのデータベースはゲノムデータ、機能ゲノムデータ及び実験に基づいて得られたデータを用いた生物のシステムバイオロジーを迅速に導きます。
• 情報は常にアップデート

現在ERGO™ で利用可能な微生物種についてはこちらをご覧ください。

また、Integrated Genomics社では下記のような他では手に入らない微生物ゲノム情報も提供可能です。

産業において重要な菌類

• Pichia pastoris
• Aspergillus niger

19 unique bacterial sequences including

• Haloferax volcanii DS2 ATCC-29605
• Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC-23270
• Acinetobacter sp ATCC 33305, (ADP1
• Atopobium minutum ATCC-33267
• Bradyrhizobium japonicum USDA 438
• Enterococcus faecium ATCC35667
• Gemmata strin Wal-1
• Heliobacillus mobilis
• Petrotoga miotherma ATCC-51224
• Polaribacter filamentus
• Prosthecobacter dejongeii
• Rhodobacter sphaeroides
• Rhodoccus sp strain124
• Staphylococcus aureus
• Staphylococcus aureus ATCC-29213
• Staphylococcus epidermidis ATCC-14990
• Thermochromatium tepidum str. ATCC-43061
• Zymomonas mobilis

Integrated Genomics社は下記のサービスも行っています。

ゲノム解析サービス

• 自動アノテーション
• マニュアルアノテーション
• 生理分析
• ゲノム比較
• 目的遺伝子発見のためのデータ検索

マイクロアレイサービス

• マイクロアレイデザイン

Microbial Metabolic Engineering

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