ExactSTART™ Platform of Transcriptome Discovery and Analysis Tools

ExactSTART™ Platformは下記アプリケーションで使用可能です。

今まで知られていなかったコーディング及びノンコーディング転写産物の発見
シーケンスやRACE、RT-PCR、ライブラリー作製などの下流アプリケーションのための完全長二本鎖cDNA(ds cDNA)の作製
転写産物の転写開始部位及びポリアデニル化部位の正確なマップ
Total RNAサンプル中の特異的なRNAタイプの選択的な”タグ付け”
RNAsの5´-もしくは3´-末端構造の解明

ExactSTART™ (START: Selective Tagging and Amplification of RNA Transcripts) Platform of transcriptome discovery and analysis toolsは、RNAライゲースを媒介(RNA Ligase-Mediated, RLM)としたRNA の5’末端のタグ付けの利点と厳密な特異性をもつRNA修飾酵素群を組み合わせています。これらの酵素を用いることでTotal RNA中のどのタイプのRNAの5’末端及び3’末端に選択的にタグ付けをすることが可能になります。サンプルには5´-capped RNAs (真核生物のmRNAsや真核生物のウィルスRNAs)や5´-triphosphorylated RNAs (e.g., some noncoding RNAs)、5´-monophosphorylated RNAs (e.g., miRNAs)、及び機能が分かっていない他のRNAが含まれます。ユニークで機能的な配列をもつ5’末端と3’末端のタグをつけることにより、選択された転写産物は増幅でき、配するープットシーケンスやRACE、ライブラリークローニング、RT-PCR、新規RNA転写産物の発見や解析方法のような下流のアプリケーションとして使用できます。

ExactSTART Platformテクノロジーの利点

特異的: total RNA中の特定のクラスのRNAの5’及び3’末端両方を選択的にタグ付け
完全長 ds cDNA: タグ付けされたRNAから完全長二本鎖cDNAを作製するための強固な選択的プロセス
フレキシブル: シーケンスやRACE、RT-PCR、RNAiのような様々なアプリケーションにおいてds cDNAを使用するために5´-及び 3´-のタグ配列はカスタマイズされています。
迅速: ほとんどの反応は1日以内に終了
シンプル: 他の製品では必要な中間ステップでの精製をほとんど除いており、反応は最適化されています。

ExactSTART Platformを利用したキット

ExactSTART™ Eukaryotic mRNA 5´ & 3´-RACE Kit: 真核生物mRNAの代替転写サイト及びポリアデニル化サイトの発見に使用できます。ExactSTART™ Eukaryotic mRNA 5´- & 3´-RACE Kit* は、真核生物のmRNA（5’末端のキャップ化と3’末端のポリアデニル化の両方）の5’及び3’末端を正確に同定するのを手助けします。
ExactSTART™ Full-Length cDNA Library Cloning Kit: ExactSTART Full-Length cDNA Library Cloning Kitは、下記のような真核生物mRNAから完全長cDNAライブラリーを作製します。; 5´-Cap/3´-polyadenylated ends (e.g., 5´ m7GpppN——AAAA... 3´)
及び(optional)
5´-triphosphorylated/3´-polyadenylated ends (5´ pppN——AAAA 3´)
及び(optional)
5´-monophosphorylated/3´-polyadenylated ends (5´ pN——AAAA 3´)

Table 1. ExactSTART™ Platform of transcriptome discovery and analysis tools は厳密な特異性をもつRNA修飾酵素を利用します。下記はExactSTART Platform Kitで使用されるRNA修飾酵素を示しています。RNA修飾酵素の実際の使用と順序はタグ付けを行いたいRNAの種類により決定されます。

RNA修飾酵素	RNA基質 → 最終産物	備考
APex™ Heat-Labile Alkaline Phosphatase	5´ pN—— 3´ → 5´ OH—— 3´ 5´ pppN—— 3´ → 5´ OH—— 3´	RNAよりリン酸を除去します。
Poly(A) Polymerase	5´—— OH 3´ → 5´—— AAAA... 3´	3’ハイドロキシル末端RNAにpoly(A)を付加します。
Polynucleotide Kinase (PNK)	5´ OH—— 3´ → 5´ pN—— 3´ 5´—— Np 3´ → 5´—— OH 3´	5’ハイドロキシル末端RNAにリン酸を付加します。また、3’リン酸を除去します。
RNA 5´ Polyphosphatase	5´ pppN—— 3´ → 5´ pN—— 3´	5’トリリン酸RNAからγ, β リン酸を除去します。
Terminator™ 5-Phosphate-Dependent Exonuclease	5´ pN—— 3´ → NMPs	5’モノリン酸末端を持つRNAを分解します。
Tobacco Acid Pyrophosphatase (TAP)	5´ m7GpppN—— 3´ → 5´ pN—— 3´ 5´ pppN—— 3´ → 5´ pN—— 3´	5´ Capped RNAからキャップ構造を除去します。また、5’末端のトリリン酸からγ, β リン酸を除去します。
T4 RNA Ligase	5´—— OH 3´+5´ pN—— 3´ → 5´———— 3´	5´ モノリン酸末端RNA (Donor) と3’ハイドロキシル末端RNA　(Acceptor)を結合させます。

*Patent pending

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