Meta-G-Nome™ DNA Isolation Kit

アプリケーション

• 水、土壌、堆肥サンプルの微生物からフォスミドクローニング可能なメタゲノムDNAの分離
• PCRや次世代シーケンスのためのメタゲノムDNAの分離

Meta-G-Nome™ DNA Isolation Kitは、環境中の水、土壌、堆肥サンプルに存在する培養ができないもしくは困難な微生物種から inhibitor-free、fosmid cloning-ready DNAを分離できます(Fig. 1)。このキットはランダムにせん断（フラグメントサイズは約40kb）された高分子量DNAを分離し、直接DNA末端修復及びフォスミドライブラリー構築、PCR増幅、次世代シーケンスに使用できます。 また、このキットは系統発生的分類、もしくは種の分布研究のための16S rRNAメタゲノムライブラリーを 準備するのにも使用できます。

水(100mL)、土壌(1g)、堆肥(300mg)からメタゲノムDNAを分離する工程はフィルトレーションテクノロジー(1.2-μm及び0.45-μmのメンブレンを提供)と酵素による溶解(Ready-Lyse™ Lysozymeと Proteinase K)が採用されています。 精製されたDNAにはフミン酸やフルボ酸がありません。

利点

• bead-beating、アガロースプラグ、パルスフィールド電気泳動、サイズ選択は必要ありません。
• フェノール/クロロホルム抽出もしくはCTABは使用しません。

Fig.1　Meta-G-Nome™ DNA Isolation Kit を用いた土壌、水サンプルからのDNA分離のための工程

Fig.2　メタゲノムfosmidライブラリーのインサートサイズ

湖の水から分離されたメタゲノムは、CopyControl™ Fosmid Library Production Kit を用いてfosmidライブラリーを作製するのに使用されました。ランダムに選択されたクローンからDNAは分離され、Not Iで消化されました。インサートサイズはほぼ40kbです。Lane M, Kilobase ladder; lane 1, 40-kb control insert; lanes 2-19, Not I-digested fosmid DNA.

Fig.3　土壌メタゲノムDNAのPCR増幅

DNAはキットのプロトコールに従って分離され、様々なテンプレートDNAの希釈を使用して16S rRNAプライマーを用いてPCRを行いました。 Lane M, Kilobase ladder; lanes 1及び2, 10倍希釈したテンプレートからのPCR産物(1 μlと5 μl); lanes 3及び4, 100倍希釈した テンプレートからのPCR産物(1 μlと5 μl); lane 5, 希釈していないテンプレートからのPCR産物(1 μl); lane 6, lane 5からのサンプルの10倍希釈

• プロトコール