Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat)
Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat) Kitは、ヒト、マウス、ラットのインタクト、部分的に分解したRNAおよびFFPEから抽出したRNAから、ほとんど全てのリボソーマルRNA (rRNA)を高効率に除去します。Whole-transcriptome RNA-SeqのためのリボソーマルRNAの除去に最適です。
利点
- インタクト及び部分的に分解したヒト、マウス、ラットのRNAから28S、18S、5.8S rRNAの99.9%以上、5S rRNAの95%以上を除去できます。（Table 1および2）
- シングルパス工程によりRNA-SeqやランダムプライムcDNA合成や他のアプリケーションのためのRNAを90-120分で得られます。
- RNA-SeqのためのmRNAsとncRNAを回収します。
- サンプルの転写プロファイルを保存します。（Fig.1および2）
- FFPE RNAを含む部分的に分解したRNAサンプルからmRNAやncRNAの3’-および 5’-フラグメントを回収します
生物種の適合性についてはこちら
| サンプル | 除去されたｒRNAの％ | |||
| 28S rRNA | 18S rRNA | 58S rRNA | 5S rRNA | |
| インタクトHeLa total RNA | >99.9% | >99.9% | >99.9% | 96.8% |
| 部分消化HeLa total RNA | >99.9% | >99.9% | >99.9% | 97.8% |
Table 1. Ribo-Zero™ rRNARemoval Kit(Human/Mouse/Rat)で処理したRNAのqRT-PCR
インタクトまたは部分消化されたHeLa total RNAをRibo-Zero kitで処理しました。各rRNAの様々な領域に対応するPCRプライマーを使用して、ランダムプライマーを使用したRT-qPCRでrRNAの量を確認しました。
| Ribo-Zero™ Kit | 1反応あたりのインプットRNA量 | rRNA除去RNAの収量 |
| Ribo-Zero rRNA Removal Kit(Human/Mouse/Rat) |
1-5μg | インプットRNAの3-10% |
Table 2. rRNA除去RNAの予想収量
rRNA除去RNAの収量は、サンプル中のrRNAやncRNAの含有量やrRNA除去RNAの最終的な精製の方法により変わります。
| Total RNA sample | rRNA Removal Kit | rRNAシークエンス率 |
| インタクトUHRR | Ribo-Zero™ Kit | 1.4% |
| 他社キット | 18.4% | |
| 部分消化UHRR | Ribo-Zero™ Kit | 2.1% |
| 他社キット | 63.3% |
Table 3. Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat)で処理することによりRNA-Seqの結果を向上させました。
インタクトまたは部分消化されたUniversal Reference RNA (UHRR)をRibo-Zeroと他社のキットで処理しました。rRNA除去RNAを用いてRNA-Seqライブラリーを作成しIllumina GAIIxでシークエンスしました。
Figure 1. 遺伝子発現においてMAQC qPCRのデータと比較し高い相関を示します
インタクト(A)もしくは部分消化された(B) UHHRと BrPR total RNAからRibo-Zero KitでrRNAを取り除き、ScritSeq mRNA-Seq Library Preparation Kitを用いてRNA-Seqライブラリーを調製しました。
Figure 2. rRNA除去のqRT-PCR解析
インタクト及び部分消化UHR RNAをRibo-Zero™ Magnetic Kit (Human/Mouse/Rat)で処理しました。rRNAの量は、各rRNAの複数領域へ結合するPCRプライマーを用いてrandom-primed reverse transcription-qPCRにより決定されました。結果は平均しています。
Figure 3.Ref Seq geneの遺伝子発現の相関
ScriptSeq RNA-Seqライブラリーは、Universal Human Reference RNA(UHRR)とBrain Reference RNA(BrRR)からpoly(A)濃縮、もしくはRibo-Zero Kit(Human/Mouse/Rat)で処理された後、それぞれ調製されました。シーケンスデータは優れた遺伝子発現の相関を示しています。
| 製品名 | Catalog No. | 容量 |
| Ribo-Zero™ rRNA Magnetic Kit (Human/Mouse/Rat) | MRZH116 | 6 反応 |
| MRZH1124 | 24 反応 | |
| Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat) (Non-Magnetic) |
RZH1046 | 6 反応 |
| RZH110424 | 24 反応 |
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