total RNAからrRNAの除去-Ribo-Zero rRNA Removal kit(Plant leaf & Seed/Root)
Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Plant Leaf) とRibo-Zero™ rRNA Removal Kit (Plant Seed/Root) は、インタクトもしくは部分的に分解された植物の葉組織、種子、根組織のtotal RNAから全てのサイトプラストrRNAやクロロプラストrRNAを除去する改良のハイブリダイゼーション・キャプチャー・テクノロジーを採用しています。RNA-SeqやqPCRなどのトランスクリプトーム解析に最適なrRNA除去RNAを調整できます。
利点
- 葉組織、種子、根組織のインタクトまたは、部分分解total RNAからサイトプラスト及びクロロプラストrRNAを>99.5%除去
- シングルパス、1時間のプロセスで処理されたrRNA除去RNAは、RNA-seqやランダムプライマーを使用したcDNA合成などに使用可能
- mRNAと同様にpoly(A)末端を欠くnon-rRNAも回収
- 部分分解したRNAサンプルにおけるmRNAの5’及び3’末端フラグメント両方を回収
| RNAサンプル | インプット量 | % rRNA除去(サイトプラスト) | % rRNA除去 (クロロプラスト) | |||||
| 25S | 18S | 5.8S | 23S | 16S | 5S | 4.5S | ||
| Arabidopsis thaliana leaf | 1-5μg | >99.99% | >99.96% | >99.94% | >99.99% | >99.98% | >99.97% | >99.94% |
| Soybean root | 1-5μg | >99.99% | >99.95% | >99.99% | >99.98% | >99.97% | >99.75% | >99.95% |
| Soybean seed | 1-5μg | >99.99% | >99.99% | >99.97% | >99.98% | >99.98% | >99.85% | >99.95% |
Figure 1 (図をクリックすると大きくなります。) Ribo-Zero™ (Plant Leaf) Kitで処理されたRNAのアジレント社 Bioanalyzerによる解析データ
Bioanalyzer (RNA600 Pico Chip)は、Ribo-Zero™ (Plant Leaf) 反応の前(赤)と後(青)の部分分解されたArabidopsis thaliana RNA (BioChain®, Hayward, CA)を表しています。Ribo-Zero kitで処理されたRNAは、RNA Clean & Concentrator-5 Column (Zymo Research) でプロトコールに従い(total RNA(>17 nt))精製されました。
Figure 2 (図をクリックすると大きくなります。). Ribo-Zero™ (Seed/Root) Kitで処理されたRNAのアジレント社 Bioanalyzerによる解析データ
Soy root RNAのBioanalyzerのプロファイル(RNA600 Pico Chip)。Ribo-Zero (Plant Seed/Root)反応前(緑) and 後(青(1μg total RNA)と赤(5 μg total RNA))。 Ribo-Zero kitで処理されたRNAはRNA Clean & Concentrator-5 Column (Zymo Research) でプロトコールに従い(total RNA(>17 nt))精製されました。
Table 2. Ribo-Zero (Plant Leaf)を用いて調製されたArabidopsis thaliana のrRNAシーケンス リードの解析
5μg A. thaliana RNAをRibo-Zero rRNA Removal Kit (Plant Leaf)で処理しました。RNA-Seq libraryは、30ngのRibo-Zero (Plant Leaf)で処理したRNAとEpicenter（エピセンター）社 ScriptSeq™ mRNA-Sea Library Preparation Kit (Illumina®-compatible)を用いて調製され、Illumina® GAIIにてシーケンスされました。シーケンスリード全体の約1%がrRNAに一致しました。
| RNA サンプル | % rRNA sequencing reads (Nuclear-encoded) | % rRNA sequencing reads (Chloroplast) | % rRNA sequencing reads (Mitochodria) | ||||||
| 25S | 18S | 5.8S | 23S | 16S | 5S | 4.5S | 18S | 5S | |
| Arabidopsis thaliana leaf | 0.19% | 0.49% | 0% | 0.14% | 0.08% | 0% | 0% | 0.12% | 0.05% |
| 製品名 | Cat. No. | Size |
| Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Plant Leaf)(non-magnetic) | RZPL11016 | 6 Reactions |
| Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Plant Seed/Root)(non-magnetic) | RZSR11036 | 6 Reactions |
| Ribo-Zero™ Magnetic Kit(Plant Leaf) | MRZPL116 | 6 Reactions |
| Ribo-Zero™ Magnetic Kit(Plant Seed/Root) | MRZSR116 | 6 Reactions |
プロトコール
Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Plant Leaf)
Ribo-Zero™ rRNA Removal Kit (Plant Seed/Root)
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